Uzun yıllar önce, kanlı bir dünya savaşının sona ermesinin ardından, insanlık barışçıl ve mükemmel görünen altı şehir devletine sığınmıştı... en azından görünüşte. Ancak, 6 numaralı şehir devletinin seçkin sakinlerinden Shion, gizemli bir çocuk olan Nezumi ile tesadüfen karşılaşması sayesinde yaşadığı dünyaya yeni bir bakış açısı kazandı. Nezumi, sözde ütopyanın duvarlarının ötesindeki ıssız çorak arazide yaşayan birçok kişiden sadece biriydi. Ancak diğer çocuğun kaçak olduğunu bilmesine rağmen, Shion onu bir geceliğine yanına alıp korumaya karar verdi ve bu da vahim sonuçlara yol açtı: Shion ve annesi, eylemleri nedeniyle seçkin statülerini kaybettiler ve başka bir yere yerleştirildiler ve şehrin karanlık yüzü kendini göstermeye başladı. Hayatlarını değiştiren ilk karşılaşmalarından uzun bir süre sonra, Shion ve Nezumi nihayet tekrar bir araya geliyorlar—eski elit ve kaçak çocuk, zamanla 6 Numara'nın sarsıcı sırlarını ortaya çıkaracak bir maceraya atılmak üzereler.
Uzun yıllar önce, kanlı bir dünya savaşının sona ermesinin ardından, insanlık barışçıl ve mükemmel görünen altı şehir devletine sığınmıştı... en azından görünüşte. Ancak, 6 numaralı şehir devletinin seçkin sakinlerinden Shion, gizemli bir çocuk olan Nezumi ile tesadüfen karşılaşması sayesinde yaşadığı dünyaya yeni bir bakış açısı kazandı. Nezumi, sözde ütopyanın duvarlarının ötesindeki ıssız çorak arazide yaşayan birçok kişiden sadece biriydi. Ancak diğer çocuğun kaçak olduğunu bilmesine rağmen, Shion onu bir geceliğine yanına alıp korumaya karar verdi ve bu da vahim sonuçlara yol açtı: Shion ve annesi, eylemleri nedeniyle seçkin statülerini kaybettiler ve başka bir yere yerleştirildiler ve şehrin karanlık yüzü kendini göstermeye başladı. Hayatlarını değiştiren ilk karşılaşmalarından uzun bir süre sonra, Shion ve Nezumi nihayet tekrar bir araya geliyorlar—eski elit ve kaçak çocuk, zamanla 6 Numara'nın sarsıcı sırlarını ortaya çıkaracak bir maceraya atılmak üzereler.
